マンチェスター・テリアの祖先は、イギリスにおいて何百年にも渡って存在したスムースコーテッド・ブラック・アンド・タン・テリアだと言われている。
ブラック・アンド・タン・テリアの特徴を持った犬は少なくとも16世紀には存在していた事が確認されている。
マンチェスター・テリアは、ネズミを追走して捕らえる猟犬として、ブラック・アンド・タン・テリアにウィペット、グレー・ハウンド、イタリアン・グレー・ハウンドなどを交配して作出されたと考えられている。
マンチェスター・テリアの背から腰に向かい緩かにカーブした背はウィペット、グレー・ハウンドなどの犬種の影響によるもので、テリア犬種には珍しいものである。
被毛色が似ている為にドーベルマンの血が入っているという説もあるが疑わしい。

1800年代中期のイギリス・マンチェスター地方では、労働者階級の娯楽として「ネズミ殺し」と「ウサギ追い」のショーが盛んであった。
ネズミ殺しが得意であったテリア種が注目を集め、独立した犬種として扱われるようになる。
1860年頃にはこのテリア種が、繁殖の中心地となっていた地名にちなみマンチェスター・テリアと呼ばれるようになり人気犬種となった。
ビクトリア女王の時代には小型化が進み、体重が1.1kgのものまで繁殖されていたが、極端な小型化による弊害が問題となり、現在のトイ種ほどのサイズに落ち着いた。
イギリスで断耳が禁止された後、多くの繁殖家がこの犬種の繁殖を諦めたいきさつがあるが、一部の熱心な愛好家が血統を守ってきた。